Bon je viens de voir sur ma tablette tes dernières vues cao, je vois mieux que sur mon téléphone !
Pour la profondeur du filetage dans les patins, personnellement, je suis la règle suivante : dans l'acier, profondeur de filet égale au diamètre de la vis, dans l'alu 1,5 fois le diamètre. C'est un peu conservateur, certains prennent moins. Donc 6 mm pour du M5 dans acier, c'est ok.
Lors du montage, je te conseille de visser la vis à vide (sans rien) à fond de fillet dans le patin. Tu messures la hauteur sous tête, elle doit étre au moins de 1 mm inférieure à l'empilage de tes 2 plaques (plus rondelle si tu en mets une).
Le risque avec les trous borgnes, c'est de serrer à fond de fillets sans serrer les plaques correctement.
Lors du montage, compte le nombre de tour de vis fait à la main avant serrage, il doit être au moins de 5/0,8 = 6 tours environ.
Si ces conditions sont respectées, tu n'a plus aucun soucis, tu es dans les normes de manière certaine.
Pour tes vis bombées où tu as un problème d'encombrement, la solution habituelle est de faire un lamage. La tête de vis ne dépasse plus et tu peux utiliser des vis standards. Avec lamage, utiliser des rondelles taille Z (plus petites en diamètre).
Normalement, les vis bombées ont un couple de serrage plus faible, ce n'est pas ce qui est recherché ici. Et même "si ça le fait", ce n'est pas très propre.
A plus et bon courage pour ton projet.